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根据国家税务总局的规定，药剂师挂证费用是可以申报个税的。根据税收征管法第十条规定：在不违反本法及其他有关法律法规的前提下，纳税人可以从收入扣除职业资格认证费、买卖货物或提供劳务所支付的佣金、商业保险费、有形动产租赁费以及本税种规定的其他可以扣除的费用。故而，5000元的药剂师挂证费用可以申报个税。 此外，税务机关还提供了一些政策，把职业资格认证及一些其他培训费用作为个税减免项目，以适应社会发展的需求。因此，税收征管法中明确规定，低收入纳税人可以将职业认证费用等培训费用纳入支出，以减免个人所得税。