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公司在办理留底退税时，不会自动发注销，而是由申报者自行报送需要发注销的发票，如果发票申报完成后没有发注销，那么就会出现因超过退税期限而无法退税的情况。发注销是指对指定发票的作废，以此确保发票的完整性和真实性，在申报留底退税的同时，也需要将相应的发票进行发注销，否则会影响退税进程。 拓展知识：发注销的流程及作用： （1）发票发注销的流程：填制发票发注销申请表-->核对票据真实性信息-->办理注销-->重新开具发票； （2）发票发注销的作用：1. 防止发票被偷窃或被冒用，防止票据被滥用；2.告知税务机关发票已被注销，防止发票重复申报；3.及时反映企业的经营状况；4. 提高企业的票据的真实性，保证税收的正确缴纳；5. 防止发生不正当经营行为，合理对待税收.