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是的，如果个税系统有两个月没有申报，就会罚款。根据最新公布的税法规定，个税按年度结算，申报期自次年1月1日至每年5月31日，今年全国到期申报日期5月31日，属于违反税法规定，应征收违反税法规定罚款，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十六条第（一）款规定：“逾期未按时足额缴纳或申报应纳税款的，处违约金，每逾期一日，按应纳税款金额的千分之一计收，最高不超过应纳税款金额的三倍”，罚款责任由个人负责，而非单位。拓展知识：自2018年起，个人所得税简化税率由6档变为3档，法定起征点由2020年1月1日起调整至每月5000元。