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税务系统中将A公司的员工状态由正常改为非正常会有影响的。首先，A公司的社保由A公司继续缴纳，直至公司收到有效的就业转移通知书后，A公司才可以停止社保缴纳，因此要给予A公司相应的补偿。另外，A公司的个税缴纳也会受到影响，A公司仍需要按照实际工资缴纳个税，因此A公司也需要支付个税。最后，B公司也会受到一定影响，由于A公司仍需要缴纳个税，B公司就需要将个税重新申报，同时还需要补足A公司的欠税费用。拓展知识：关于调动的税务工作还应该注意缴纳五险金，调动后，调动人应在一个月内向新单位交纳社会保险费，新单位也应在一定期限内缴纳五险金，否则将承担相关的法律责任。