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房地产开发公司项目清算时增值税是按照国家发布的“增值税收费税目及征收规则”的规定计算的，具体的计算方法是将货物（房地产开发项目）的销售额乘以税率（一般是17%），得到的结果就是货物的增值税，增值税的税率一般以17%为主，但在一些特殊情况下，如农作物及其制品、乳制品和教育图书等，有可能会执行专项税率，像乳制品13%，教育图书3%。拓展知识：进出口增值税是对进出口物品征收的增值税，其税率主要有13%、17%和6%三种；而工程增值税是把工程项目完成后实际售价减去实际成本乘以税率（一般为17%）得出的税费，用于补偿建设工程的应交税收，其他的增值税包括服务类增值税、物业管理服务增值税等等。