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在财务部算考勤工资时，应该考虑到本案中该员工本月有5天假，他擅自休了两天，然后主管考勤算他旷工，而他最终只休了三天，假期就完了。公司规章制度虽然规定旷工扣当天工资并加扣同等工资罚款，但在这种情况下，该员工没有真正的旷工，因此财务部不能扣工资。否则，会影响员工的正常工资收入，不符合员工合法权益保障，也不符合合理管理原则。 拓展知识：此外，财务部还可以考虑在计算考勤工资时应引入一些其他因素，以确保公司能够按规定计算工资。例如，计算考勤工资时可以考虑员工的准时率、考勤状况、工作表现或其他绩效指标，这样有助于准确、客观的计算考勤工资，确保员工得到公平合理的报酬。