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在这种情况下，您可以在公司的总账中将进项税作为成本的一部分，以此来做会计核算。但请注意，这些进项税必须在未来可以被认证，以防止公司出现上缴税款的状况。如果税收机关不承认公司应交税款，则企业应根据规定进行处理，继续做好税款的管理事宜，如果是公司的错误，则应按照规定的时间期限补缴相应的税款。此外，公司还要加强相关税款的管理工作，做到动态管控，确保所有应纳税款均能及时正确缴纳。