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根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十八条的有关规定：免税项目应符合国家和地方有关规定，其中，与总公司签订合同的项目，可以抵扣增值税。但是，公司在抵扣时也要注意遵循相应的规则，包括确认该项目的免税性、准确认定合同签订的起止时间、合同所涉及增值税和消费税的抵扣规则等，否则，将影响分公司的抵扣效果。 此外，抵扣增值税也要注意发票的有效性。发票及其他财务凭证应详实核验，确保发票信息真实有效，以便于抵扣增值税。 拓展知识： 特殊纳税人增值税抵扣：根据《中华人民共和国增值税暂行条例》，特殊纳税人的抵扣也包括其他税种，如消费税，地方教育费附加，房产税，印花税等。抵扣过程中，特殊纳税人应遵守国家和地方税收有关规定，认真文字有效性，完善及时收取发票，实行正规结算，以保证特殊纳税人正确、合理地申报纳税。