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农产品加工的免税发票可以抵扣，税务机关会根据农产品加工行业的营业税收入抵扣依据。在扣除过程中，由于免税的营业税，企业的营业收入除去营业税后的其他税款收入，均可进行抵扣。具体步骤来说，先要将营业税收入抵扣，其次，从未减去营业税以外的收入中，将剩下的税款减至零。 拓展知识：目前在我国，很多企业都采用农产品加工行业的收入抵扣措施，这种措施可以减轻企业的税收负担，促进企业投资，提高企业发展和改善农业结构，是一种积极的行政手段。另外，根据企业的具体情况，税务机关可以对企业的营业税收入进行进一步抵扣，以减轻企业的财务负担。