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这种情况下，为了避免违反税收相关规定，应当采取合法合理的办法处理乙方开出的100万元增值税专票。首先，双方可以讨论进行发票换票，乙方可以把用不上的甲方材料发票换成我方可利用的材料发票，双方可以根据发票价格和物料价格在乙方多发票金额中抵偿一部分，如果我方所需的材料费用更多，可以讨论协商将发票金额以物料的形式发放，而不是完全抵偿乙方的增值税专票。同时，还可以发票换票的方式与乙方联系，将乙方发给甲方的价税合计100万元的增值税专票换成符合要求的发票。综上所述，要合法合理地处理乙方开出的100万元增值税专票，应采取发票换票的方式，即将乙方发给甲方的增值税专票换成符合要求的发票，或将发票金额以物料的形式发放，或在乙方多发票金额中抵偿一部分。 拓展知识：处理开票的合法合理的办法还有下列几种： 一、发票换票：乙方可以将不符合要求的发票换成符合要求的发票； 二、发票金额抵偿：乙方可以用发票金额抵偿一部分； 三、发票金额以物料的形式发放：双方可以讨论协商将发票金额以物料的形式发放。