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小规模纳税人开具的普票面额为5000元，如果贵公司需要退还给客户，可以不计入收入是可以的。如果按照财务会计的思想，收入的金额必须要与发票的金额匹配，也就是说，发票金额大于实际收款金额，就会出现差额，因为发票面额为5000元，所以不能将金额进行分割和发票开出。同时，为了解决客户的要求，也可以将5000元直接退还客户，而不计入收入，此时发票金额和实际收款金额是一致的，也符合财务会计的思想。总之，小规模纳税人可以不计入收入将5000元直接退还给客户，但在此之前，要先做好一些财务准备，比如做好税收计算，并确定税收退还的方式，以及退还对方客户时发放的发票格式以及凭证等。