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合作社应该开具普通发票，面粉加工销售公司可以从应纳税收入中抵扣本期应纳税额，抵扣比例为17%。抵扣费用项目包括合法纳税人出售的增值税一般纳税人有权抵扣的费用，包括但不限于：符合国家财政部门有关规定的购进增值税专用发票货物和劳务、支付的增值税；购买和使用服务减少营业收入的服务费用和材料费用；购买农产品以及加工、批发、零售业所使用的生产设备、原料；购买自用车辆时缴纳的购置税和其他税金；购买并安装节能设备时缴纳的购置税、安装费或者安装费用；购买本期生产经营所需的机器设备、设施、用具、原材料及非通用商品时缴纳的购置税；购买自用房屋时缴纳的购房税；其他合法纳税人缴纳的应税收入。 拓展知识：在开具增值税发票的过程中，应该根据税务机关的规定，做好完善的凭证管理，以及税金申报工作，保证纳税义务的正确清楚。可以把有关的财会凭证的电子文档保存起来，以备税务机关查询检查，以及便于自己日后核对检查。