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农业专业合作社自产自销的小麦销售给一般纳税人面粉加工销售公司到税务局代开增值税专用发票，应按3%上税。 根据《国家税务总局关于免征增值税农业增值专项附加扣除有关问题的公告》（税务总局公告2017年第112号）规定：农业专业合作社自产自销的小麦销售给一般纳税人的，应按3%的增值税税率课征增值税。 在农村实施以农民集体为主体的自主经营，依法运用自产自销模式，可以有效促进农民稳定收入增加，加强农业合作社发展，促进农民向商品经济转型，更好地发挥农民合作组织的政策优惠职能，拓宽增加农民收入的良好途径。 拓展知识：农业专业合作社是一种以农民为主体的集体经济组织形式，专业合作社实行“自产自销”模式，这种模式的作用在于便于提高农业的生产经营效益、减少农业从业人员的从业成本、拓宽农民收入增加的途径等。