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根据《企业所得税法》的规定,在退还税收时,企业应付的税款有可能扣除手续费,退税的过程中，除了支付企业本身的税款外，还需要支付给各级政府有关部门的一定手续费。手续费如果是收取企业税收部分，则需要缴纳增值税，税率一般为6%。增值税的征收，不受税收部分的金额多寡影响，按照6%的比例征收，退税方也有实际缴纳增值税义务。 增值税是一种由企业和机关事业单位等按照国家税收筹划的政策一次性缴纳的税款，它的本质是从营收中抽取企业利润的税款，并且由企业自行缴纳。计算企业增值税的基本方法是：将一期应缴纳的营业税减去一期的销项税款后，将剩余的部分乘以税率所得到的数额即为该期应缴纳的增值税。 拓展知识：增值税是最终消费者承担的税，因此增值税又称为“消费税”，消费税对消费者的购买力产生了一定的消减作用，有助于降低过度消费，抑制膨胀。