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是可以扣除的。企业给员工购买重大疾病险，作为住房公积金抵税凭证之一，是可以纳入住房公积金抵税范畴中的。可扣除项目包括公积金，重大疾病险，商业保险，年金，以及其他住房支出等。具体可扣除金额有所限制，一般每户只能扣除相关支出的最高金额2500元。 拓展知识： 住房公积金抵税是指纳入住房公积金抵税范畴中的缴纳住房公积金及其符合评定条件的相关支出，包括公积金，重大疾病险，商业保险，年金，以及其他住房支出等。此外，住房公积金抵税还可以减免个税，即抵扣已交纳的住房公积金,以减免当期应交税费金额。