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当进项税额高于销项税额时，会出现增值税应缴税额为负的情况，这种情况需要企业及早发现，并采取相关的措施进行处理。对于应缴税额为负的企业，在税务机关缴纳增值税时，应将本期增值税减免，但不得超过上一个纳税期间应缴纳增值税总额。 关于进项税额高于销项税额，企业有必要采取控制、防治增值税减免漏洞和错漏抵扣行为的有效措施，如加强内部管控和对重点业务的监控，对发出发票的情况进行严格控制，并及时发现异常情况，及时处理增值税的问题，避免造成不必要的财务负担及影响企业的正常经营。 另外，企业在设计增值税征收程序时，还要充分考虑各类税务变动及变化，灵活运用增值税相关抵扣和减免政策，从而提高税收税收效率。