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首先，应确定企业申报的工资是否为实发工资的实际金额，如果确定的话，可以采取下列措施来处理： 一、减税支付差额：企业在当月应缴纳的个税为实际实发工资减去申报工资后结果所产生的差额，以及对应的滞纳金。 二、企业还需向职工发放实发工资，以补偿实发工资与申报工资之间的差额，但需要补缴相应的个税。 而根据《中华人民共和国企业所得税法》十一条规定，企业申报的职工工资大于实发工资的，企业还需要补缴相应的个税，以改善企业的企业所得税缴纳义务。 拓展知识： 在缴纳个人所得税时，企业应根据实际实发工资金额依法计算并缴纳个人所得税，不得按照申报的职工工资进行缴纳，否则会受到相应的处罚。