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首先，对于跟总公司签订的合同，发票需要开给总公司，分公司付款是没有问题的，只要分公司按照总公司要求的付款规则付款即可。但是，在做这样的事情之前，有几点需要注意和说明的：1、首先，应将总公司的付款清单提供给分公司，由分公司根据清单向总公司付款；2、在开票之前，应将货款付款清单提前给分公司，并确认分公司已按清单付款；3、分公司付款必须准确无误，应视货款金额建立账户并由总公司进行账务管理；4、应确保总公司的合同账户和开票清单及发票是一致的，并保证每一笔款项有记录和发票。 作为对签订合同和开票的补充，可以考虑进行采购总部报销，可以将分公司付款记录报销至总公司，保证付款准确性，加强财务管理。