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自开收购农产品免税发票按进项9%抵扣的情况下，要领用一部分原材料深加工时，应当按照以下步骤进行计算： 1、首先，应当计算出本次深加工所需要用到的原材料所需买入的金额，即本次加工所需花费的总金额。 2、然后，把本次加工所需花费的总金额乘以进项9%，得出可以通过抵扣的数额，即可得出本次加工可以抵扣的1%的部分。 3、最终，可以得出本次加工实际仍需支付的金额。 拓展知识： 自开收购农产品免税发票按进项抵扣的优点： 1、免税发票可以减免缴纳的税款，因此企业可以有效减少税负，从而提高企业的盈利能力。 2、免税发票按进项抵扣也能够有效降低企业的成本，可以提高企业的竞争力。 3、此外，免税发票按进项抵扣还可以支持企业按时缴纳税款，确保企业的正常经营及合规经营。