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是的，保安公司可以自由选择全额或者差额征收。按照《国家税务总局关于专用发票和普通发票管理的规定》的规定，全额合计税额的发票是指：合计金额和税额是统一的，也就是合计金额与税额的和应该等于合计金额。这种发票又称为全额征税发票。普通发票则是指合计金额与税额的和大于合计金额，因此可以把它们称为差额征税发票。因此，当保安公司从发票补领审核中确认专用发票时，可以选择全额征税，而普通发票则可以选择差额征税。 此外，发票补领审核并不是发票审核，而是说从税务局提供的资料中找到未开出的发票，以保证发票的安全性。审核未开出的发票的过程称为补领审核，需要注意的是，发票补领审核中也有可能出现恶意补领，因此企业应注意规范发票补领审核程序，以及严格执行发票销售管理程序，以避免发票领取与企业收入无关的危害。