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是的，通行费电子普通发票可以在增值税认证系统中认证抵扣。电子普通发票一般包括服务、租赁、加工等货物或者劳务，可以用于纳税人计入财务收入，抵扣增值税税收。纳税人可以在增值税认证系统中，申请通行费电子普通发票的认证抵扣，从而获得增值税抵扣权。 具体操作步骤为： 1. 纳税人进入登录后的增值税网上认证系统，点击【增值税税收补贴认证抵扣申请】，然后点击【普通发票】，在弹出的菜单里选择【认证抵扣申请】； 2. 此时网页显示【认证抵扣申请】，在发票类型中选择【电子普通发票】，点击【下一步】； 3. 填写发票信息，包括发票代码、发票号码，发票种类、发票金额、开票日期、抵扣金额等； 4. 按照提示上传电子普通发票PDF，完成本次增值税认证抵扣申请； 5. 如果申请通过，增值税网上认证系统会显示本次认证抵扣申请成功，从而获得增值税抵扣权。 拓展知识：增值税税收补贴认证抵扣是指在纳税人发生采购、销售或服务等环节，纳税人依照税收管理部门的有关规定，在增值税网上认证系统中，凭认证的税收补贴发票、支付收据等，向税收部门申请取得电子发票认证抵扣权，从而获得增值税抵扣权。