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实际收款金额比开票金额少，要根据实际情况处理。首先，要通过银行或其他资金渠道的转账凭证确认两者金额的准确性，如果实际收款金额比开票金额少，需要对此差额进行再次确认，以便后续进行核实处理，一般有两种情况：第一种情况下，可能是开票金额存在计算错误、多记入费用等情况造成实际收款金额比开票金额少，可以根据实际情况进行调整或重新开具发票，重新核实收款金额。第二种情况下，可能是签订合同前双方协商调整，或发生其他特殊情况，导致购买方支付的金额比开票金额少，此时需要双方重新商定并签订补充协议，并重新开具发票，重新核实实际收款金额，才能达到账户之间的结算状态。 拓展知识：发票认证是一种核实发票上的内容是否跟合同内容一致的审计程序，可以在内部也可以由外部审计机构完成。内部可以通过签字完成确认，而外部则需要审核人员核实原始凭证，作为通过审计的发票认证依据。