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增值税专用发票丢失的处理方式如下： 1.申请补开。在税务机关门前申请补开，并对发票信息真实性，用途，数量完整性履行责任。 2.办理发票遗失手续。纳税人申请补开发票失败或者未办理补开手续的情况下，可以前往当地税务机关办理“发票遗失核销手续”，获准可以在税务机关的网络系统中做取消注销核销处理。 3.做进项税额转出。对于进项税额转出，要按照入－出税比例计税，通过出口扣税计算，出口货物的税额减去转出的税额，以获得出口扣税后的税额，但要确认特殊项目是否有抵免等处理。 拓展知识：增值税专用发票是国家开具的税务机关管理的专用单据，具有记载纳税义务人增值税收入及减损情况的重要性。可以用于纳税人减税，节税或抵扣等税收优惠政策，也可以作为结算发票使用。