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根据《中华人民共和国发票管理条例》的规定，苗木免税普通发票是合法的税收凭证，并可以申请抵扣。可以在企业税务登记机关进行申请办理，向企业税务机关出具申请材料，可以以苗木免税普通发票作为申请抵扣凭据，抵扣税额最高为当次本期应纳税额之和。 拓展知识：抵扣具有税收减免功能，可以在当期应纳税款中减免一部分税款，进而减轻企业的负担。可以通过减税、免税或税费减免等方式实现抵扣，也可以通过其他方式给予税收减免政策，对满足一定条件的企业申请抵扣税收。