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可以入账。小规模纳税人分公司的发票开在总公司抬头的情况，主要是指分公司作为总公司的独立单元进行财务核算。依据企业所得税法规定，小规模纳税人分公司必须独立核算，发票也必须独立开具，分公司可以开具抬头为总公司的发票，但发票上需要加上“分公司”字样，因为发票是实际付款人和收款人之间进行结算的唯一凭证，发票抬头必须准确无误。对于发票经分公司独立核算入账，实际上也是分公司作为总公司的独立单元进行核算的一部分，只要符合发票开具的法律法规要求，都可以入账。 拓展知识： 小规模纳税人分公司财务核算和报税与企业所得税法规有关，可以根据企业所得税法规要求，对分公司的发票开具和核算进行准确无误的管理，从而保证发票的正确开具和正确的财务核算，准确完整的交纳税款，避免不必要的重复支付和罚款。