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在有关收入税的规定中，合同中约定的增值税征收税率是准确可行的，无论当事人是否已经发出开票。所以，按照16%的增值税征收税率征收，与按照13%的增值税征收税率征收的区别是，差额3%的增值税应该从发票中退还给当事人。所以，合同100万元，应该退还100万元乘以3%，即3000元作为增值税退还给相关当事人。 拓展知识： 我国现行税收制度中，在增值税征收范围内，当事人就其财产所发生的税费及其他费用，由法律、行政法规等依据规定的情况，考虑其经济利益和社会公共利益，应缴纳或退还税费及其他费用。