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根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的规定，营利性医疗机构自经营起三年内是不用交增值税的。因为根据《增值税暂行条例》第八十五条规定，营利性经营活动者，主要经营活动开始前三年，可以免征增值税。这就意味着，营利性医疗机构自经营起三年内是不用交增值税的，其可以脱离繁琐的纳税手续，可以更充分的利用有限的资金，专注于开展医疗活动。 此外，《增值税暂行条例》第六十二条规定，领取经营活动收入的个别纳税人，可以根据达到或超过其预期营业收入下列限额时申报缴纳增值税。因此，如果营利性医疗机构的营业收入超过了其预期的限额，就需要缴纳增值税。 总之，营利性医疗机构自经营起三年内是不用交增值税的，但在营业收入超过预期限额时，需要缴纳增值税。