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这种情况下，应该按照技术服务开具发票。因为，我们所做的不是销售软件，而是为客户设计定制软件，只提供技术服务，技术服务发票税率为6%。另外，与此同时，客户签订了有效的软件所有权转让文件，因此，其只拥有使用权，而非法律上的所有权，软件所有权不可转让，而使用权也无法销售给其他客户，此外，为确保软件所有权的有效性，还需要客户根据软件专利法的规定，申请商标或者专利权以确保软件的所有权。