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首先，母公司应该针对已经有的财务数据进行分析，排除掉母公司独有的费用，计算出实际应报销费用，并根据两家子公司的比例分摊费用给母公司的两个子公司。税务处理上，母公司需要将每个子公司的报销费用分摊情况分别申报给税务部门，按照税务部门的规定，缴纳相应的税款。日常操作上，母公司需要建立一个明确的公司费用分摊管理权限，定期更新授权，分析和报告公司费用。同时，母公司可以利用财务软件和ERP系统，自动化整个费用分摊流程，提高财务效率。此外，母公司会根据情况定期审计费用分摊情况，以确保正确的执行，避免出现不必要的损失。