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一般纳税人开免税增值税专用发票的时候，要确认收入的时候应该按照实际收入来确认，即以免税增值税专用发票所标明的金额来记账，而不是根据税率来计算出来的收入。比如，如果你开一张价税合计1000元的免税增值税专用发票，税率是6%，那么你在做账的时候应该按照1000元来确认收入，而不是按照1000/1.06=943.39入账。 免税增值税专用发票具有特殊的税务效力，但具体而言，要根据发票的内容来确定是按照税率进行确认收入还是按照发票金额确认收入。更具体地说，如果发票本身上是标明“金额”字样，那么就按金额来确认收入；如果发票本身上是标明“税金”字样，则表明其实确认的是相对于税率而言的收入。