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增值税制度性留底退税是一种普遍采用的税收优惠政策，让企业以更低的税率来缴纳税款，减轻企业税负的一种税收优惠政策。操作方法如下： （1）缴纳税款前：企业应在提交税款单据时，核对本期税款扣缴后剩余数额，若税款留底数额大于指定金额，企业有权在大额抵扣税款前申请留底退税； （2）申请留底退税：企业按要求提供相关证明材料，并经税务机关审核，申请办理增值税制度性留底减免； （3）签订协议书：企业和税务机关应根据审核结果，签订减免协议书，书面明确留底金额和减免条件； （4）缴纳税款后：企业缴纳完税款后，依据减免协议书，向税务机关申请按约定减免税款金额； （5）税收减免：税务机关确认减免申请后，企业可以按照协议书的约定，直接从税款中减免部分税款，实现留底退税的目的。 在申请留底退税的过程中，企业应当注意税收优惠政策的变化，以免影响到本次退税的减免数额。另外，企业在提交税款单据时要按照规定的格式和要求提供完整的资料，以便更有效地完成税务稽查程序。 拓展知识：除了增值税制度性留底退税外，企业还可以申请增值税进项税额抵扣、增值税减免等税收优惠政策，减轻企业税负。