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由于总公司与分公司是独立核算的，所以分公司必须要建立和维护自己的账户和凭证系统，监督和管理自己的财务状况，从而完成工资、社保、公积金的计算和记账。 首先，分公司应建立工资账户，并建立工资结算凭证，根据员工的工作情况发放工资，并将发放的工资分别归入社会保险金和公积金两个账户中。 其次，分公司应配合总公司在其自己的账户中合理使用代付的社会保险金和公积金，并准确再次核对和登记其代付情况，保证各项费用的准确发放。 最后，分公司在进行社会保险金和公积金登记和报销时，需要根据总公司的凭证，依据相关规定，做到及时、如实、准确。 拓展知识：同样是代付流程，总公司不仅需要向分公司代付工资费用，还可以向分公司代付经营性支出、会计往来账款等，都是需要分公司对相应的凭证进行核对和记账。