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企业申请科技型中小企业，填写纳税总额时，车购税是不包括在内的。车购税属于准营收税，属于个人所得税，由个人自行缴纳。企业纳税总额，是指企业取得的营业收入、非营业收入、减少的营业成本、利润和减少的非营业成本，以及其他应税所得，按照税法规定缴纳税款，合计所得的纳税金额。企业纳税总额，中包括企业所得税、增值税、消费税、资源税、城市维护建设税等，车购税不在其中。 此外，值得一提的是，企业申请科技型中小企业，可以继续享受税收优惠政策，包括免征、减征或者降低税收比例等政策。同时，有些企业申请科技型中小企业，还可能获得部分税收返还，当然这需要遵循相关税收法规。