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公司在收到员工个人承担的社保部分款项时，应该根据相应的会计原则和会计准则进行会计处理，具体处理步骤如下： 1、将原始凭证上的收款金额登记在现金日记账中，并进行核对； 2、对收入属于社保部分的收入，应按社保缴纳标准把收款金额的一定比例分别记入“社保基金”和“应交社会保险费”类科目，并做分录； 3、若收款金额中含有投保人（即员工）个人承担部分，应将被保险人名下的部分分别记入“应收职工账款”和“应交社会保险费”类科目，并做分录； 4、将收款登记在应收账款账户的，可将相应应收账款先挂账，等到结算时就行转账； 5、完成会计处理后，出纳员需要向银行确认是否存入成功，若未存入成功，应及时做相应的处理并及时录入账套。 拓展知识：社会保险费是指用人单位或者个人应缴纳的用于参加社会保险的各项缴费。根据相关法律法规，企业应单独缴纳和报送社会保险费，个人承担的部分则同时由用人单位和被保险人共同支付。缴纳社会保险费的方式一般为：用人单位可以自行缴纳，也可以由用工单位和职工双方分别支付。