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独资企业在自然人扣缴系统上报经营所得的流程是： 1.注册登记：首先，需要企业在税务机关登记注册； 2.填写申报表：其次，企业需要填写经营所得税预缴纳税义务申报表，同时需要把企业的上个月的各类型应税所得额填写在申报表上； 3.计算缴税金额：同时，企业还要根据当月应税所得额进行计算，并在申报表上填写应纳税额； 4.缴税：最后，将申报表填写完整后，企业就可以在自然人扣缴系统上缴税了。 拓展知识： 经营所得税，是指居民企业、个人经营活动所得扣除费用后应纳税的所得税，主要指对收入实现时应缴纳的所得税。经营所得税属于一般性收入类税收，主要执行企业所得税税率，也可以采用简易计税办法实行税收。