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企业开具3%的专用发票，需要缴纳的税款包括：销售税、营业税和增值税。销售税是指销售方向购买方收取的税款，比例为3%，由购买方向销售方支付；营业税是指企业在销售产品或提供服务时缴纳的税款，比例为3%，由企业自行缴纳；增值税是指企业在销售产品或提供服务后应缴纳的税款，比例为3%，由企业自行缴纳。 以上三项税款需要企业进行分类缴纳，且要及时缴纳。若企业未及时缴纳税款，将承担相应的处罚，例如按照相关法律法规被罚款或责令补缴税款等。 拓展知识：专用发票可分为标准发票和专用发票。标准发票是指具有固定比例税率的发票，如17%的普通发票；专用发票是指实行税率分类管理的发票，例如13%、17%和3%等税率的发票。只有符合条件的企业方可开具专用发票，否则将受到相应的处罚。