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这样做并不好。根据国家财政部的规定，所有的票据需要一一对应；而且两个合同中所涉及的事务也有可能存在差异，比如关于质量和单价的定义不一致，这样就可能造成双方约定的合同条款不一致，存在纠纷。另外，从财务审计角度来看，若把两个合同合计为一笔就会带来不便，其明细账目无法正确显示两笔合同之间的区别，以至于财务审计时无法正确判断双方之间的财务情况，造成审计困难，而且可能影响公司的财务报表。所以，建议您的老板应该严格按照两个合同，针对对应的票据，分开打款，以免出现审计困难或者纠纷。