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企业所得税年度汇算清缴时发现员工薪酬和申报个税的员工薪酬不一致，要根据税务局发出的风险识别报告，采取相应的措施进行处理。 首先，根据发现的薪酬不一致情况，企业可以对上缴税款进行核定，增补差异税款，完成应缴纳税款；其次，应当对进行相关记录，落实责任制，使企业有严格的申报审核制度，确保所得税正确缴纳；最后，企业可以采取报表折扣、税务减免等措施，减轻纳税负担。 拓展知识：企业所得税汇算清缴是指企业在每年末根据实际缴纳税款的情况，经过税务机关审核和复核，把实际应缴的税款与上一年预缴税款汇总比对，最终确定实际应缴款项目及金额，再行交纳的过程。