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小规模纳税人增值税免税是指按照国家规定，小规模纳税人可以在一定条件下，不按照年度应纳税负担支付增值税，而是在每次销售结果中收取一定比例的营业税。水利建设基金免税一般指的是按照国家水利建设规划的对于投资水利建设的企业和单位，部分用于水利建设的收入不受所得税收税，也就是所得税免税。由于小规模纳税人增值税免税属于税收减免，而水利建设基金免税则是企业所得税减免，所以这两者并没有直接的关系，具体情况需要根据主管税务机关对该类企业的规定来确定。 拓展知识：企业所得税减免是指按照国家规定，当企业获得所得时，其所得税收可以减免的情形。一般是指减免企业税负，减少企业税收负担，以此激励企业提高经济和社会效益。减免项目多种多样，一般包括环保投资减免、水利建设减免、符合条件的小型微利企业减免和农村带动型企业减免等。