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针对员工离职时的个税申报系统操作，应先把离职员工的相关信息从系统中注销，包括基本情况、发放的薪资等，以免影响个税申报的准确性，一般要求做完相应的备案后，将离职员工的纳税信息汇总，包括当期的收入、财产税、个税等，汇总完成后，再进行上期的个税结转和本期的个税申报，完成这些步骤后，就可以不申报了。 此外，离职员工申报完个税后有可能会返还税额，也就是注销税号后可能会有税款返还，所以还要查看税号内是否有税款未返回，如果有，则可以通过申请财政部退税来获得税额返还。 拓展知识：财政部退税是指财政部在个人纳税人实行事先审核制度后，为纳税人在实际缴纳的某项税款超额多缴的，由税务机关核准后，依照有关规定，向该纳税人办理退还税额的行为。