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您好，一般来说，纳税人劳务清包工开票是按差额征税的方式进行的，按照3%的税率进行征收。根据《国家税务总局关于实施增值税差额征税有关问题的通知》（国家税务总局发[2017] No.81），纳税人劳务清包工开票开展税收差额征税，其中，在开展差额征税时，劳务收付款方都需要按照3%的即征即退税率遵守税收管理规定，劳务收付款方需要向税务机关报送《劳务清包工开票申请表》，经税务机关审核后签发《开票申请凭证》，此书为开票凭据，并需要缴纳差额税款。除此之外，纳税人需要去税务局办理备案，根据《国家税务总局关于增值税差额征税备案办理有关具体问题的通知》（国家税务总局发[2018] No.14），纳税人应当提供营业执照和经营地址等资料，并由当地税务机关审核通过后签发《差额征税备案凭证》，凭此凭证，方可正常开展差额征税。 拓展知识：税务差额征税是指纳税人在当期销售或采购的增值税应纳数额与其实际应纳或已纳税款数额之间的差额由纳税人按照税率征收。按照税收规定，差额征收增值税一般按3%和16%进行征收，如果增值税应征数额比实际缴纳的税款数额大，应按3%的税率征收；如果增值税应征数额小于实际缴纳的税款数额，应按16%的税率进行征收。