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小规模纳税人季度开票超过45万的，应当按超过部分全额缴纳，不能按45万全部缴纳。根据《企业所得税法实施条例》规定，小规模纳税人每季度的月销售额不足50万元，可以按照5%的税率计算；但当每季度月销售额超过50万元时，除去50万元以内，超过部分按月销售额总数的10％征收企业所得税。因此，当小规模纳税人季度开票超过45万的，其超过部分应当按月销售额总数的10％征收企业所得税。 拓展知识：根据《企业所得税法实施条例》，每年总计超过30万元的征税对象，按照月销售额每季度累计计算，按9或15%企业所得税税率征税。但未超过30万元的，按季度月销售额累计计算，按5%企业所得税税率征税。