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是的，公司收到3％的通行费发票可以按9％抵扣。根据《中华人民共和国发票管理条例》规定，可以在抵扣税费时，将单价低于实际的金额乘以抵扣率抵扣，最高为税率的九倍。因此，购买者可以将3％的通行费发票抵扣9％的税费。但是，实际中抵扣率仍需参照发票制度，并需结合企业实际情况进行核定，以确保抵扣合法性和准确性。 此外，为了确保正确缴纳税款，企业还需积极参与抵扣税费，并确保发票金额准确，避免发生欠税的情况。另外，还需要仔细查清发票是否符合标准，以确保能够准确地享受抵扣税费政策。