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一般情况下，纳税人商贸企业收到的工程专票9%税率是不能按13%抵扣的。由于工程专票的定义是指属于工程类发票，而商贸企业类型的企业本身就不属于工程类企业，因此是不能抵扣的。但是，如果商贸企业单独购买的工程类物料，可以提供相应的材料，可以在税收管理机关审核后，予以税率抵扣，此时工程专票税率可以按13%抵扣。 此外，商贸企业在缴纳期间，也可以采用跨期相应的抵扣方法，包括跨月抵扣、跨季抵扣或跨年抵扣。比如，商贸企业在一个月内，发生了多次税收行为，其中某一次属于工程类发票，可以将该笔税收行为的税额统一计算到下个月进行抵扣。 因此，一般情况下，纳税人商贸企业收到的工程专票9%税率是不能按13%抵扣的，但可以采取跨期抵扣方式。