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员工填写个税专项扣除住房信息的申报方式是选择通过扣缴义务人申报，具体来说就是让劳动者本人来缴纳个税，并且在申报的时候根据当前的应税收入，减除相关的专项支出，减少自身的应纳税额。企业只需要把劳动者的工资发放出去，然后劳动者本人自缴个税和完成税收申报即可。相较于之前每个月由企业完成个税申报，改为员工本人完成个税申报，不仅可以减轻企业申报压力，还可以使得员工更加关注自身的税收运行情况，更好的管控税收费用。此外，随着个税法的健全完善，一些新的税收减免政策也在不断出台，本人申报个税也可以更加充分、准确地享受政策福利。