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是的，公司需要扣钱。当公司雇用了员工，需要承担一定的社会保险费用，以保证员工及其家属的社保福利得以实现。而一旦员工辞职，有可能出现社保基数补差的情况，公司就必须支付补差费用。尤其是有的员工离职时，可能由于社保基数不够，出现社保账户赤字，公司就需要补差费用，以负责员工的补充计费。因此，社保基数补差会由公司扣钱。 关于社保补差的拓展知识，需要了解的是，社保补差的金额是由政府机构根据政策要求确定的，不同的补差标准以及不同政府机构确定的补差标准也会有所不同。一般来说，补差额是根据每月工资累计支出金额与最低计费基数（当地执行社保标准所规定）之间的差额计算而得出的。所以，公司在考虑补差费用时，需要了解当地政府机构对社保计费和社保补差的相关政策，以有效的控制费用。