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如果增值税发票联和抵扣联丢失，可以采取记账联复印件入账和认证抵扣的方式。首先，必须按照税务机关规定登记增值税发票抵扣联，其次，应于发票开具日起三个月内，将复印件上传税务机关，税务机关审核确认无误后，即可以记账联复印件入账，并依照税务规定认证抵扣申报，以确保企业有效抵扣税款。 此外，对于丢失的发票，税务机关还需要企业提供凭证和证明材料，并在有效证明基础上进行审核。另外，建议企业在后续开具和使用增值税发票时，应妥善保存发票和抵扣联，防止发票丢失而影响企业税收减免。