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单位代扣代缴个人所得税汇算清缴按照国家税收相关法规规定，登录税务机关网上汇算清缴系统，按照系统提示信息操作，填写完成后提交即可。 具体操作步骤如下： 1.登录税务机关网上汇算清缴系统； 2.在社保费及个人所得税表中，输入本月缴费款项； 3.收入所属期、收入额、应缴个税金额、扣缴义务人社会保证金数额等信息； 4.提交报税信息； 5.校验所填信息； 6.在确认报税信息页面提交，即完成汇算清缴程序。 以上就是单位代扣代缴个人所得税汇算清缴的操作流程，而税务机关在税务系统中不断更新改进，操作也会不断改变，所以每次汇算清缴的操作都要仔细查看网上操作提示信息，以确保正确操作。 拓展知识： 自2019年7月起，税务机关实施个税申报清缴整合系统，把原有的个人所得税报税申报清缴系统、社会保险费汇算清缴系统等整合为个税申报清缴整合系统。因此，代扣代缴纳税人应同时履行汇算清缴责任和纳税申报责任，这样可以减少税务机关的手续办理时间，也有利于实现“一次缴纳，分期申报”。