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员工工资少做了金额，已经报完个税了，处理或操作要根据发票的类型、发放金额及报税金额调整做出不同的处理方法。 1. 若发票类型为专票，则需要在专票对应的核销清单中对应金额进行增减，并再等发票金额差额结清后抵扣应纳税额，以确保税务稽查无问题。 2. 对于普票，根据少做金额已经报完个税，可以下调其发票金额，在月末启动开票时控制发票金额，以及调整当月报税金额，以便调整个税发放金额。 拓展知识：发放的工资是按照当月工资收入情况调整，上月发放的工资可能不符合当月的收入，此时就需要进行个税补缴或者退税的操作。另外，等发票金额结清后，要记录结清情况，以确保报销程序中每个步骤都能够正确进行，避免出现一些问题。