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有不能抵扣的专用发票，应该在认证系统里勾选认证不抵扣，这样系统就不会认为发票可以抵扣，那么淘宝或京东开的那些不能抵扣的发票就可以安全的存在系统中，因为系统不会将其算入可抵扣金额。不过需要注意的是，这些不能抵扣的发票在系统中也需要进行认证，以便查看发票的正确性、完整性以及发票的供应商信息等。 拓展知识：发票是商业企业和组织机构出具的结算凭证，它能够在税收认可条件下减免纳税人的税收，纳税人可以在收到发票后将其作为税收减免申请的凭证。发票包括专用发票和普通发票，其中普通发票是可以用来抵扣的，而专用发票由于发票数据的不完整，一般不能用来抵扣，只能作为凭证存在。